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Monitorización de las comunidades de anfibios mediante metabarcoding de ADN ambiental / Amaia Caro, Ibai Ugarte-Zabaleta, Julen Vázquez-Sanz, Aitor Albaina, María José Madeira, Benjamín Juan Gómez-Moliner.

Contributor(s): Caro, Amaia | Ibai Ugarte Zabaleta, Ibai | Vázquez-Sanz, Julen | Albaina, Aitor | Madeira, María José | Gómez-Moliner, Benjamín Juan.
Material type: materialTypeLabelComputer fileSeries: n. 5. Munibe Monographs. Nature Series.Analytics: Show analyticsPublisher: Donostia : Aranzadi Zientzia Elkartea, 2023Description: Online First.Content type: texto (visual) Media type: electrónico ISSN: 2340-0463; 2340-3055.Other title: Monitoring of amphibian communities throughout environmental DNA metabarcoding.Subject(s): 12S | anfibios | eDNA | metabarcoding | Vitoria-GasteizOnline resources: Click here to access online Summary: Las metodologías de ADN ambiental o eDNA permiten la detección del ADN presente en el ambiente y posibilitan la identificación y clasificación de las especies presentes en el medio sin necesidad de avistarlas ni capturarlas. De esta forma, permiten trabajar con especies poco abundantes, esquivas y/o en peligro de extinción de una manera eficaz, segura y no invasiva. Por ello, se muestran como una opción muy prometedora para el estudio y monitoreo de las comunidades de anfibios, ya que la probabilidad de detección de algunas especies mediante métodos tradicionales de muestreo puede ser baja y varía dependiendo de las condiciones ambientales. Sin embargo, la técnica aún plantea varios retos, siendo esencial optimizar los procedimientos y ajustarlos a cada tipo de estudio y objetivos perseguidos. Aquí, se presentan los resultados preliminares de la puesta a punto de una metodología metabarcoding basada en el análisis de eDNA para monitorizar las comunidades de anfibios en la Comunidad Autónoma del País Vasco (CAPV). El protocolo de muestreo diseñado y la metodología metabarcoding propuesta, basada en una región del gen 12S mitocondrial, se ha empleado en 60 masas de agua de Álava y dos de Navarra. El locus seleccionado ha mostrado ser adecuado para distinguir las especies de anfibios presentes en el área de estudio. Además, se han obtenido resultados para 38 humedales, mostrando que la metodología tiene potencial para la detección de anfibios y permitiendo identificar los procedimientos a mejorar para optimizar la metodología. Se demuestra, por tanto, que los estudios de eDNA son una metodología prometedora para la monitorización de las comunidades de anfibios.Summary: Environmental DNA or eDNA methodologies allow the detection of DNA present in the environment and enable the identification and classification of the species present in the environment without the need to sight or capture them. In this way, they allow working with scarce, elusive and/or endangered species in an effective, safe and non-invasive way. Therefore, they could be a very promising option for the study and monitoring of amphibian communities, since their detection probability for some species by traditional sampling methods is often low and varies depending on environmental conditions. However, the technique still poses several challenges, and it is essential to optimize procedures and adjust them to each type of study and the objectives pursued. Here the preliminary results of the fine-tuning of a metabarcoding methodology based on eDNA analysis to monitor amphibian communities in the Basque Country are presented. The sampling protocol designed and the proposed metabarcoding methodology, based on a region of the mitochondrial 12S gene, has been used in 60 ponds of Araba and in two of Nafarroa. The selected locus has been shown to be suitable for distinguishing amphibian species from the study area. In addition, results have been obtained for 38 ponds, showing that the methodology is has potential for amphibian detection and allowing the identification of the procedures to be improved in order to optimize the methodology. It is therefore demonstrated that eDNA studies are a promising methodology for monitoring amphibian communities.Summary: Ingurumen DNA edo eDNA metodologiei esker, ingurunean dagoen DNA detekta daiteke, eta bertan dauden espezieak identifikatu eta sailkatu daitezke, ikusi edo harrapatzeko beharrik gabe. Horrela, aukera ematen dute espezie ez oso ugari, iheskor eta/edo galzorian daudenekin modu eraginkor, seguru eta ez inbaditzailean lan egiteko. Izan ere, espezie batzuetan ohiko laginketa-metodoen bidez hautemateko probabilitatea txikia izaten da eta ingurumen-baldintzen araberakoa. Horregatik, oso aukera egokia da anfibioen komunitateak aztertzeko eta monitorizatzeko; hainbat erronka izan arren. Hori dela eta, prozedurak optimizatu eta helburu bakoitzari egokitzea beharrezkoa da. Hemen aurkezten dira Euskal Autonomi Erkidegoko (EAEko) anfibio-komunitateak monitorizatzeko eDNAren analisian oinarritutako metabarcoding metodologia baten doikuntzaren emaitzak. Diseinatutako laginketa-protokoloa eta proposatutako metabarcoding-metodologia, 12S gene mitokondrialaren eskualde batean oinarritua, Arabako 60 ur-masatan eta Nafarroako bitan erabili dira. Hautatutako locusak azterketa eremuko anfibio espezieak bereizteko egokia dela erakutsi du. Gainera, 38 ur-maseterako emaitzak lortu dira, anfibioak detektatzeko metodologia eraginkorra izan daitekeela baieztatuz, eta metodologia optimizatzeko hobetu beharreko prozedurak identifikatzeko aukera emanez. Beraz, eDNA azterketak anfibioen komunitateak monitorizatzeko etorkizun handiko metodologia direla frogatzen da.
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Munibe Munibe Munibe
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https://www.aranzadi.eus/fileadmin/docs/Munibe/mmns2023503.pdf Not for loan

Las metodologías de ADN ambiental o eDNA permiten la detección del ADN presente en el ambiente y posibilitan la identificación y clasificación de las especies presentes en el medio sin necesidad de avistarlas ni capturarlas. De esta forma, permiten trabajar con especies poco abundantes, esquivas y/o en peligro de extinción de una manera eficaz, segura y no invasiva. Por ello, se muestran como una opción muy prometedora para el estudio y monitoreo de las comunidades de anfibios, ya que la probabilidad de detección de algunas especies mediante métodos tradicionales de muestreo puede ser baja y varía dependiendo de las condiciones ambientales. Sin embargo, la técnica aún plantea varios retos, siendo esencial optimizar los procedimientos y ajustarlos a cada tipo de estudio y objetivos perseguidos. Aquí, se presentan los resultados preliminares de la puesta a punto de una metodología metabarcoding basada en el análisis de eDNA para monitorizar las comunidades de anfibios en la Comunidad Autónoma del País Vasco (CAPV). El protocolo de muestreo diseñado y la metodología metabarcoding propuesta, basada en una región del gen 12S mitocondrial, se ha empleado en 60 masas de agua de Álava y dos de Navarra. El locus seleccionado ha mostrado ser adecuado para distinguir las especies de anfibios presentes en el área de estudio. Además, se han obtenido resultados para 38 humedales, mostrando que la metodología tiene potencial para la detección de anfibios y permitiendo identificar los procedimientos a mejorar para optimizar la metodología. Se demuestra, por tanto, que los estudios de eDNA son una metodología prometedora para la monitorización de las comunidades de anfibios.

Environmental DNA or eDNA methodologies allow the detection of DNA present in the environment and enable the identification and classification of the species present in the environment without the need to sight or capture them. In this way, they allow working with scarce, elusive and/or endangered species in an effective, safe and non-invasive way. Therefore, they could be a very promising option for the study and monitoring of amphibian communities, since their detection probability for some species by traditional sampling methods is often low and varies depending on environmental conditions. However, the technique still poses several challenges, and it is essential to optimize procedures and adjust them to each type of study and the objectives pursued. Here the preliminary results of the fine-tuning of a metabarcoding methodology based on eDNA analysis to monitor amphibian communities in the Basque Country are presented. The sampling protocol designed and the proposed metabarcoding methodology, based on a region of the mitochondrial 12S gene, has been used in 60 ponds of Araba and in two of Nafarroa. The selected locus has been shown to be suitable for distinguishing amphibian species from the study area. In addition, results have been obtained for 38 ponds, showing that the methodology is has potential for amphibian detection and allowing the identification of the procedures to be improved in order to optimize the methodology. It is therefore demonstrated that eDNA studies are a promising methodology for monitoring amphibian communities.

Ingurumen DNA edo eDNA metodologiei esker, ingurunean dagoen DNA detekta daiteke, eta bertan dauden espezieak identifikatu eta sailkatu daitezke, ikusi edo harrapatzeko beharrik gabe. Horrela, aukera ematen dute espezie ez oso ugari, iheskor eta/edo galzorian daudenekin modu eraginkor, seguru eta ez inbaditzailean lan egiteko. Izan ere, espezie batzuetan ohiko laginketa-metodoen bidez hautemateko probabilitatea txikia izaten da eta ingurumen-baldintzen araberakoa. Horregatik, oso aukera egokia da anfibioen komunitateak aztertzeko eta monitorizatzeko; hainbat erronka izan arren. Hori dela eta, prozedurak optimizatu eta helburu bakoitzari egokitzea beharrezkoa da. Hemen aurkezten dira Euskal Autonomi Erkidegoko (EAEko) anfibio-komunitateak monitorizatzeko eDNAren analisian oinarritutako metabarcoding metodologia baten doikuntzaren emaitzak. Diseinatutako laginketa-protokoloa eta proposatutako metabarcoding-metodologia, 12S gene mitokondrialaren eskualde batean oinarritua, Arabako 60 ur-masatan eta Nafarroako bitan erabili dira. Hautatutako locusak azterketa eremuko anfibio espezieak bereizteko egokia dela erakutsi du. Gainera, 38 ur-maseterako emaitzak lortu dira, anfibioak detektatzeko metodologia eraginkorra izan daitekeela baieztatuz, eta metodologia optimizatzeko hobetu beharreko prozedurak identifikatzeko aukera emanez. Beraz, eDNA azterketak anfibioen komunitateak monitorizatzeko etorkizun handiko metodologia direla frogatzen da.

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