Revisamos los principales resultados de catorce años de investigación en el río Agüera (norte de España) desde una perspectiva ecosistémica. Las caracteristicas físico-químicas muestran grandes variaciones espaciales en la red hidrográfica del Agüera, debido a diferencias en la geología y usos del suelo a lo largo de la cuenca. Las variaciones temporales son importantes a diferentes escalas, desde la nictemeral hasta la interanual, dificultando la caracterización del quimismo de las aguas. Las riadas pueden ocurrir en cualquier momento del año, aunque tienden a ser menos frecuentes en verano. A consecuencia de las diferencias en el patrón de lluvias, el hábitat de la biota fluvial parece bastante imprecedible, y el periodo libre de crecidas variable de año en año. En general la biota muestra diferencias estacionales reducidas e importantes diferencias interanuales en biomasa. Durante periodos largos de sequía las algas perifíticas pueden ser muy abundantes en tramos medios, y desempeñar un papel clave en la retención de nutrientes. En consecuencia, el Agüera muestra una importante capacidad de autodepuración. Los caracteres biológicos sugieren que los invertebrados están adaptados a un ambiente de escasa estacionalidad pero donde ocurren riadas impredecibles. El tiempo de ocurrencia de las riadas es también importante en aspectos funcionales como la eficiencia del ecosistema para procesar entradas de hojarasca, la principal fuente de alimento en la mayor parte de tramos de cabecera. Estos resultados recalcan la importancia de la investigación multidisiplinar y sostenida en un río, de la perspectiva ecosistémica, y de la observación a diferentes escalas espaciales y temporales, dentro del esquema conceptual de la cuenca de drenaje.